La idea de desarrollar procesos de investigación es una idea que hace camino en ALUNA desde su nacimiento, pues es a través del desarrollo de alternativas de intervención pedagógica como ALUNA ha logrado avances importantes en cada uno de sus niños, niñas y jóvenes. Sistematizar esta experiencia, así como problematizar los estilos de trabajo que se vienen dando en discapacidad cognitiva en la región motivó al Equipo de ALUNA a presentar un proyecto de investigación a COLCIENCIAS. Este proyecto, presentado en el 2003 y denominado: “Enfoque pedagógico desde la perspectiva de la educación especial, como elemento facilitador de habilitación integral de la población con discapacidad cognitiva y múltiple, apoyado en la clínica” fue avalado por Colciencias, y abre la puerta para la configuración del Departamento de Investigación en ALUNA.